이번 포스팅에서는 DNA배열 상호작용 및 DNA배열의 역학 시뮬레이션에 대해 포스팅해보도록 하겠습니다.
고밀도에서의 DNA의 조건부 배열 및 분자순서를 포함하여 우리는 고밀도 DNA배열의 멀티 스케일 시뮬레이션을 수행해보았습니다. DNA 밀도에서 수화력을 식별 할 수 있는 파라미터를 갖는 반대 이온 유형을 변화시킴으로써 고밀도에서의 dsDNA의 특성은 apposed 분자의 점진적인 미세한 분자의 감지 및 DNA 자체의 동일성과 병행할 수 있습니다. DNA 농도변화는 일반적으로 상탷방정식(EOS)로 정량화되며, DNA농도와 DNA 삼투압을 연결합니다. 상태 방정식(EOS)는 축적 시그널링 보완실험에서 추론할 수 있고, DNA 분자 상호작용에 관한 현상학의 특유의 분자 대칭과 일치하는 DNA중심의 상대방향 순서, 점진적 DNA 전체길이의 의존성에 적합하도록 합니다. 이 단계 연구에 대한 세부사항 및 DNA길이의 의존성을 포함한 세부경계는 여전히 체계적으로 조사되고있습니다. hexatic 육각형의 경계를 포함하여 상호작용 및 모든 이들의 기초가되는 주요 메커니즘의 분자순서를 정전 상호작용에 의한 정교한 시뮬레이션 접근법을 통해 그 중요성을 밝힐 수 있습니다. 결과적으로 메커니즘과 그들 사이에 이어지는 고밀도 중간 단계의 DNA 및 MD 시뮬레이션의 엄청난 자원이 필요로하며 DNA 간의 과적인 상호작용 및 DNA-DNA 간 상호작용의 의존성의 MD 시뮬레이션을 설정하는것이 가능해졌습니다. 이와 관련하여 DNA countercharge 및 DNA 용액의 완전한 특성 분석은 대칭을 갖는 한정된 정렬배열에서의 상호작용 현상학을 분석할 뿐만 아니라, DNA 하위단계의 위치 및 각도의 방향성을 Lindemann기준을 사용하여 고밀도 DNA 준결 정상에서 그들 사이의 결합에 대한 철저한 도표를 제공합니다. 이러한 DNA-DNA간 고밀도 시뮬레이션들은 원자적 분자를 자유롭고 일관된 결합 가능한 영역을 가로질러 즉석에서 결합가능하도록 하였습니다. 적응해상도기법(AdResS)는 거친입자에 의해 두 도메인간 커플링을 가능하게하는 MD 시뮬레이션 기법입니다. 원자가 인접 분자와 겹치지 않게 하기위해 원자 자유도의 도입이 연속적이어야합니다. 이를위해 하이브리드 영역이라고도하는 서로다른 레벨의 결합은 분자간 작용하는 체계에의해 이루어집니다. 최근 많은 적응해상도기법(AdResS)의 전보는 엔트로피, 자유에너지등과 같은 통계적 양의 계산을 다룰 뿐만 아니라 적응해상도기법(AdResS)의 적응해상도 Monte Carlo 및 샘플링 기법, 메타 다이내믹스(metadynamics)의 결합에도 중점을 두고있습니다. 사방 정계에서 이러한 모든 기술을 결합해야만 적절한 모델링이 가능합니다. 그러므로 철저한 자유 에너지에 관한 문제를 피하기 위해 Lindemann기준을 사용하여 OBMD와 유사한 상 전환 시점을 결정합니다. 이러한 방법은 DNA 농도에 따라 증가하며 DNA 어셈블리의 hex 및 orto lattices를 탐구하는데 중요합니다. 결과적으로 훤씬 긴 DNA의 지속 길이가 DNA 단편과 구조의 변화에 대한 많은 자유가 B-DNA구조를 보여주었씁니다. DNA분자의 삼투압 결과는 표준 편차내에 있는데 버퍼와 비슷한 방식으로 모델링 할 수 있습니다. 전체 DNA배열은 DNA 분자의 수소원자가 RATTLE로 제한되어있지만, 이온은 거친입자의 동일한 전위를 통해 DNA분자 주위에 반투막을 도입하고 삼투압을 계산합니다. 낮은 DNA 농도의 경우, 두가지 다른 이온유형의 차이가 나타나는데 두격차가 상당하며 가장 낮은 DNA농도에서의 격차는 더이상 보존되지않습니다. 이러한 시뮬레이션 및 실험을 통해 상호작용의 잠재령은 상오 방향에 결정적으로 달려있다는것을 확인할 수 있습니다. 이러한 연구결과로 인홰 향상된 샘플링 기술로 자유 에너지 환경에서 보다 정확하고 확실한 연구결과를 얻길 바랍니다.
